Я пытаюсь найти дифференциально метилированные регионы, используя R-пакет DMRMark.Мои данные являются непарными данными между контролями и случаями, и я вернулся к примеру в Справочном руководстве DMRMark, чтобы убедиться, что у меня есть шаги.В приведенном ниже коде первые 5 строк взяты непосредственно из руководства.
Я пытался использовать выходные данные функции'formData 'в качестве входных данных для функции' DMRMark ', но я пробовал это 3 способами, и я получаю ошибки.Я ожидаю, что первый вариант сработает, но он выдаст ошибку, что у меня в данных есть «NA»Функция реформData создает «NA», чтобы ошибка была особенно неожиданной.
Есть мысли о том, что я здесь делаю неправильно?
# The case with One more sample from Tumour group
# The second Tumour sample is the extra one
mv2 <- matrix(1:25,5)
mv2[,2] <- mv2[,2] + 5
patient <- factor(c(1,3,1:3))
type = c(rep("Normal",2),rep("Tumour",3))
pd <- model.matrix(~patient + type + 0)
exmpl = reformData(mv2, pd)
L = c(300,2578,608,362,48)
set.seed(13)
starting = 1
par <- DMRMark(exmpl, L, starting)
par <- DMRMark(exmpl, L, starting, pd = pd)
par <- DMRMark(mv2, L, starting, pd = pd)