Ошибка при добавлении значения p к графику параллельных координат (ggplot) - PullRequest
Новая
       14

Ошибка при добавлении значения p к графику параллельных координат (ggplot)

0 голосов
/ 07 февраля 2019

У меня есть набор данных, который представляет собой парные данные из нескольких выборок, с которыми я хочу построить параллельный график координат, и включаю p-value выше (т.е. нанесите каждую точку данных в каждой группе и свяжите пары с линией исравнительная статистика выше нанесенных данных).

Я могу заставить график (в основном) выглядеть так, как я хочу, но когда я пытаюсь добавить p-value, используя stat_compare_means(paired=TRUE), я получаю 3 ошибки:

2 x:

"Не знаю, как автоматически выбирать масштаб для объекта типа quosure / формула. По умолчанию непрерывно."

1 x:

"Ошибка в validDetails.text (x): объект 'pairlist' не может быть приведен к типу 'double'".

Мои данные data.fram e с тремя переменными: выборочная переменная, поэтому я знаю, какая пара есть, групповая переменная, поэтому я знаю, к какой категории относится значение, и переменная значения.Я вставил приведенный ниже код и более чем рад принять другие предложения о любых других способах улучшения внешнего вида кода. 

ggplot(test_OCI, aes(x=test_OCI$variable, y=test_OCI$value, group =test_OCI$Pt)) +
  geom_point(aes(x=test_OCI$variable),size=3)+
  geom_line(aes(x=test_OCI$variable),group=test_OCI$Pt)+
  theme_bw()+
  theme(panel.border=element_blank(), 
        panel.grid.major=element_blank(),
        panel.grid.minor=element_blank(), 
        axis.line=element_line(color="black"))+
  scale_x_discrete(labels=c("OCI_pre_ART"="Pre-ART OCI", "OCI_on_ART"="On-ART OCI"))+
  stat_compare_means(paired=TRUE)

edit 1: добавление примеров данных

Не слишком много данных, но я добавил их ниже для каждого запроса. 

    Pt  variable    value
1   Pt1 OCI_pre_ART 0.024
2   Pt2 OCI_pre_ART 0.027
3   Pt3 OCI_pre_ART 0.027
4   Pt4 OCI_pre_ART 0.010
5   Pt5 OCI_pre_ART 0.075
6   Pt6 OCI_pre_ART 0.040
7   Pt7 OCI_pre_ART 0.070
8   Pt8 OCI_pre_ART 0.011
9   Pt9 OCI_pre_ART 0.022
10 Pt10 OCI_pre_ART 0.006
11 Pt11 OCI_pre_ART 0.019
12  Pt1  OCI_on_ART 0.223
13  Pt2  OCI_on_ART 0.166
14  Pt3  OCI_on_ART 0.163
15  Pt4  OCI_on_ART 0.126
16  Pt5  OCI_on_ART 0.090
17  Pt6  OCI_on_ART 0.139
18  Pt7  OCI_on_ART 0.403
19  Pt8  OCI_on_ART 0.342
20  Pt9  OCI_on_ART 0.092

edit 2: packages

allстроки в коде рисунка взяты из ggplot2, за исключением stat_compare_means (paired = TRUE), который взят из ggpubr.

1 Ответ

0 голосов
/ 07 февраля 2019

Я не уверен, что это причина, но похоже, что строка stat_compare_means() не интерпретировала эстетику x ~ y.Изменение линии на stat_compare_means(comparisons = list(c("OCI_pre_ART","OCI_on_ART")), paired=TRUE) привело к функциональному графику.

...