это довольно просто
$system_path = __DIR__ . '../system';
$application_folder = __DIR__ . '../application';
и использовать обычный файл codeignitor .htacess, и все работает нормально.Symfony делает то же самое в index.php.Конечно, ваши папки css, image, upload должны быть внутри публичной папки.затем вы можете удалить все файлы index.html и операторы
defined('BASEPATH') OR exit('No direct script access allowed');
;)