Я предполагаю, что это относится к иерархии каталогов, и если да, то как именно это работает?
Периоды используются в качестве разделителей для структуры пакета.Класс Scanner находится в пакете util, который лежит в пакете java.
Scanner
util
java
Пакеты представлены каталогами в файловой системе, класс Scanner представляет собой файл Scanner.javaв нем.
Scanner.java