Используйте подзапрос:
SELECT lat
FROM (SELECT @rownum := @rownum +1 AS rank,
round(LAT_N,4) as lat
FROM STATION CROSS JOIN
(SELECT @rownum := 0) params
ORDER BY lat_n
) s
WHERE rank = CEIL(@rowCount / 2) ;
Обратите внимание, что в более поздних версиях MySQL вам может потребоваться выполнить сортировку в подзапросе.