Если вы просто хотите удалить ключ объекта, то вы можете сделать это следующим образом:
m.forEach(function (dept) {
if(condition) // this is where you check if this department is checked or unchecked
delete dept[Dep_key];
});
Конечно, это только расплывчатый пример, мне нужно знать ваше фактическое определение объекта, чтобы дать вамправильный ответ.