Есть ли правильный способ обработки этого сценария?
Редактирование кода миграции - это правильный способ обработки этого сценария.
В качестве альтернативы, вы можете создать одинDbContext с миграциями, содержащими только сущности, сопоставленные с таблицами, которыми вы хотите управлять с помощью миграций.Затем создайте еще один DbContext со всеми сущностями, который используется для чтения и записи в базу данных.
Обратите внимание, что в вашем контексте миграции могут отсутствовать свойства навигации, содержащие только соответствующие свойства внешнего ключа, если вы не хотите добавлять real внешних ключей в базе данных, ссылающихся на таблицы, не контролируемыеваши миграции.