Это потому, что первый div является фиксированным и имеет прозрачный фон.Попробуйте добавить цвет фона к первому div:
<div style={{ display: 'flex', flexDirection: 'column' }}>
<div style={{ zIndex: 1050, height: '50px', position: 'fixed', width: '100%', backgroundColor: 'white'}}>
</div>
<div style={{ position: 'relative' ,height: '250px', backgroundColor: 'green' }}>
</div>
</div>
В качестве альтернативы вы можете установить margin-top на втором div на 50px (высота первого div)