Поскольку у Interbase и MySql есть драйверы ODBC, как насчет использования вашей любимой среды разработки для написания приложения, которое открывает каждую таблицу в базе данных IB и копирует ее в базу данных MySql? Существуют различные языки и IDE, которые поддерживают доступ к данным с использованием odbc.
Это было бы лучше, чем использование csv, потому что ваш код мог копировать схему в процессе копирования каждой таблицы.