Распространенным способом отображения данных с различными порядками величины является использование логарифмического масштабирования для оси Y.Ниже используется логарифм с основанием 10, но могут быть выбраны и другие основания.
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
data = [[ 0.00790019035339353, 0.00002112],
[0.0107705593109131, 0.0000328540802001953],
[0.0507792949676514, 0.0000541210174560547]]
df = pd.DataFrame(data, columns=['A', 'B'])
df.plot.bar()
plt.yscale("log")
plt.show()

Обновление: Чтобы изменить форматирование меток яксиса, можно использовать экземпляр ScalarFormatter
:
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import ScalarFormatter
data = [[ 0.00790019035339353, 0.00002112],
[0.0107705593109131, 0.0000328540802001953],
[0.0507792949676514, 0.0000541210174560547]]
df = pd.DataFrame(data, columns=['A', 'B'])
df.plot.bar()
plt.yscale("log")
plt.gca().yaxis.set_major_formatter(ScalarFormatter())
plt.show()
