LINQ to SQL и LINQ to XML имеют сходство, но они не идентичны. LINQ-запросы, вероятно, могли бы быть написаны так, чтобы их можно было использовать таким же образом, но код самих запросов, вероятно, нужно было бы изменить.
Не могли бы вы привести несколько примеров того, как выглядит ваш текущий код LINQ to SQL? Включение примеров того, какие данные вы используете и как вы хотите отформатировать XML, вероятно, поможет людям дать более конкретные указатели.
Редактировать: Ваш первый запрос возвращает объект. Если ваш LINQ to SQL и LINQ to XML возвращают один и тот же тип, вы можете поменять их местами, не изменяя код, который потребляет результат.
Ваш второй запрос, по-видимому, возвращает логическое значение, поэтому к нему применяется та же концепция. Код в другом месте вашего решения не будет заботиться о том, как был установлен этот bool.
Предложение Майка об использовании интерфейса для вашего уровня доступа к данным - это путь. Для ваших 2 примеров у вас будет интерфейс, который содержит объект Organization и bool. Ваши реализации SQL и XML будут другими, но любая другая часть вашего кода должна будет знать только, как использовать интерфейс.