Он не использует уникальный логин в качестве первичного ключа, не совсем. Под капотом находится специфичный для провайдера идентификатор членства, который в случае провайдера членства в SQL является GUID.
MembershipUser membershipUser = Membership.GetUser();
object userKey = membershipUser.ProviderUserKey;
На самом деле это даже сложнее, поскольку у вас может быть несколько приложений, совместно использующих базу данных членства, либо разделяющих пользователей, либо использующих имя приложения, чтобы отличать их пользователей друг от друга, но вызывающих ProviderUserKey будет получать правильный результат каждый раз.