Попробуйте это:
protected override IModuleCatalog CreateModuleCatalog()
{
var a = new DirectoryModuleCatalog() { ModulePath = @".\Modules" };
var b = new ConfigurationModuleCatalog();
return new ModuleCatalog(a.Modules.OfType<ModuleInfo>().Concat(b.Modules).OfType<ModuleInfo>());
}