Я думаю, вы можете запустить его как «Внешний инструмент» из Eclipse (маленькая зеленая стрелка с панелью инструментов). Нажмите на стрелку меню справа от этого значка и выберите параметр «Настроить внешние инструменты».
Затем можно щелкнуть правой кнопкой мыши узел дерева «Программа» (слева) и выбрать «Создать», чтобы создать новую конфигурацию. Вам нужно будет ввести значения, аналогичные тем, которые вы сделали бы, если бы запускали сервер в командной строке.
Дайте вашей конфигурации осмысленное имя, например "SmartFox" или что-то в этом роде.
Местоположение - это команда, которая запускается (может указывать на Java в вашем случае).
Чтобы настроить консоль, нажмите на вкладку «Общие», и флажок «Распределить консоль» уже должен быть установлен.
Когда вы закончите, нажмите кнопку «Применить» или «Выполнить».
Затем вы можете запустить сервер, выбрав его в списке «Внешние инструменты» (тот же значок, что и ранее), и вы можете остановить его, используя красный значок остановки на консоли (должен работать).
Необязательно ... другие вкладки диалога конфигурации могут быть полезны. Возможно, вы захотите, чтобы вкладка «Сборка» не выполняла сборку перед запуском, в зависимости от настроек.
То, что это не даст вам (обязательно), - тесная интеграция между сервером и Eclipse. Возможно, вам придется выполнить дополнительную настройку или просто развернуть свой код на сервере по мере необходимости.
Надеюсь, я не далеко от того, что вы искали.
Удачи.