Если таблица уже существует, вы можете сделать это:
ALTER TABLE mytable AUTO_INCREMENT = 1000;
Но убедитесь, что самое высокое значение в столбце auto_increment меньше 1000.
Если вы создаете новую таблицу, вы можете сделать это:
CREATE TABLE mytable (id INT UNSIGNED PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT)
AUTO_INCREMENT = 1000;