Я вижу, что ваш проект Gatsby - это ваши главные gh-страницы .Поэтому вам нужно поместить свою сборку в основную ветку , а не в ветку gh-pages .
Так что вам нужно поместить свой код src в веткуваш выбор и в мастер ветке вы положите сгенерированную сборку.
Измените ваш скрипт на следующий
"scripts": {
"deploy": "gatsby build && gh-pages -b master -d public",
}