Убедитесь, что в скриптах нет операторов 'echo off', и после вызова каждого скрипта вызовите 'echo on', чтобы сбросить все пропущенные вами.
Причина в том, что если эхо-сигнал оставлен включенным, то интерпретатор команд будет выводить каждую команду (после обработки параметров) перед ее выполнением. Это выглядит очень плохо для использования в производстве, но очень полезно для целей отладки, так как вы можете увидеть, где выходной файл пошёл не так.
Также убедитесь, что вы проверяете уровни ErrorLevel, установленные вызываемыми пакетными сценариями и программами. Помните, что для этого в файлах .bat используются 2 разных метода. Если вы вызвали программу, уровень ошибки находится в% ERRORLEVEL%, в то время как из пакетных файлов уровень ошибки возвращается в переменной ErrorLevel и не нуждается в% вокруг него.