Ответ на ваш первый вопрос, вероятно, да.
Что касается остального, вы можете найти make clean
, который приведёт в порядок файлы, созданные исходным make
.
Я думаю, что make-файл сможет справиться с ситуацией, когда текущий каталог и префикс $ не совпадают, и делать правильные вещи.
Текущий каталог обычно не будет местом назначения файлов, созданных make-файлами.
(конечно, это зависит от того, как написан make-файл, поэтому я не могу дать однозначных ответов, но я, как правило, впечатлен используемыми мной make-файлами)