Вы не можете создать телефон без пользователя, это не рекомендуется, потому что ограничение внешнего ключа, которое вы должны иметь в своей базе данных, не позволит вам ..
$userData = $request->get('name');
$phoneData = $request->get('phone');
$phone = new Phone();
$phone->user()->associate(User::create($userData));
$phone->save();
Может быть, выищу что-то вроде этого ...
для обновления ..
$phone = isset($phoneData['id'])
? Phone::where('id', $phoneData['id'])->first() : new Phone();
$phone->user()->associate(User::firstOrCreate(
['email' =>$userData['email']], .... extra data from user));
$phone->save();