Для проектов .NET Framework MSBuild имеет (IMO ошибка) проблему, когда иногда ссылки DLL в зависимостях проекта не копируются в папку bin.Вот довольно полное обсуждение проблемы: MSBuild не копирует ссылки (файлы DLL) при использовании зависимостей проекта в решении
Это также имеет место в проектах .NET Core?
Похоже, это будет выпущено с netcoreapp3.0
См. Здесь: https://github.com/Microsoft/msbuild/issues/4156