Используйте следующее для принудительного вывода этих значений в виде значений с плавающей запятой при чтении:
import pandas
import numpy as np
pandas.read_csv(filepath[0], header=None,
delim_whitespace=True, lineterminator='\r',
dtype=np.float64)
Это работает с прописной буквой 'E'.
Пример
pd.DataFrame({'a':['5.64E-4', '0.1259', '3.556E-4'],
'b':['a', 'b', 'c']}, dtype=np.float64)
Выход
a b
0 0.000564 a
1 0.125900 b
2 0.000356 c