Да, приложение Nodejs, разработанное для Windows, может работать на компьютере с Linux.Убедитесь, что вы проверяете любые пути файловой системы, использованные в приложении, обновляя их до их эквивалента в Linux.
Хостинг Linux обычно дешевле, поскольку базовые технологии имеют лицензии с открытым исходным кодом и широко используются в сообществе разработчиков в большинстве развертыванийпо сравнению с хостингом windows.