Я думаю, что вы хотите использовать плагин библиотеки Java и настройки API / реализации.
Для устаревшего Java-плагина вы можете сделать
dependencies {
compile('group:module-b:1.0') { transitive = false }
}
Это заставит вас явно объявить транзитивные зависимости модуля b, если вам нужно их использовать.
Примечание: вы, вероятно, получите большое количество ClassNotFoundException, используя module-b во время выполнения, так как теперь в вашем classpath отсутствуют jar-файлы.Так что это может быть лучше
dependencies {
compile('group:module-b:1.0') { transitive = false }
runtime 'group:module-b:1.0'
}