Вы не можете добавить шаг к процессу сборки на стороне github.Процесс, который берет ваш репозиторий и превращает его во что-то обслуживаемое, может контролироваться только настройкой на странице профиля.
В конце концов, если индексный файл не является jekyll, он будет обслуживаться как есть.репозиторий.
Единственное, что вы можете сделать, это иметь два хранилища - одно из «исходного» и одно, которое является фактическими страницами, которые обслуживаются.Это по крайней мере сохранит файл index.html в исходном хранилище.