Я бы порекомендовал вам сначала перенести только схему ваших локальных баз данных в базы данных SQL Azure, а затем разрешить Azure SQL Data Sync перенести данные в Azure и обновлять их в базе данных SQL Azure..
Мое предложение начать с пустой схемы на стороне базы данных SQL Azure состоит в том, что когда синхронизация данных SQL находит данные локально, а в Azure начинает сравнивать обе базы данных, которые потребляют много ресурсов.
При первоначальной синхронизации SQL Data Sync может потреблять много ресурсов на локальном сервере базы данных даже при наличии пустой схемы на стороне Azure, для этого вы можете использовать SQL Server Resource Governor , чтобы ограничить процессор, используемый сеансами синхронизации данных в вашем локальном SQL Server, и таким образом избежать большого влияния на производительность, которое может повлиять на пользователей базы данных.
Когда вы будете готовы, вы можете переключать пользователей (постепенно или нет, если синхронизация данных SQL в двунаправленном режиме) на Azure.После миграции ваших пользователей вы можете удалить базу данных участников (локальную базу данных) из конфигурации SQL Data Sync и остановить операцию SQL Data Sync.