Похоже, ваш источник мог использовать 99999 вместо NaN.Я бы заменил их на NaN (отсутствует):
In [11]: df = pd.DataFrame([[1, 99999.0], [2, 4]], columns=['A', 'B'])
In [12]: df[['B']] = df[['B']].replace(99999., np.nan)
In [13]: df
Out[13]:
A B
0 1 NaN
1 2 4.0
т.е.
df[['Latitude', 'Longitude']] = df[['Latitude', 'Longitude']].replace(99999., np.nan)
Примечание. Это может заменить некоторые географические местоположения, которые являются законно 99999, но это очень маловероятно!