64-битное оборудование потребителя обычно представляет собой архитектуру «amd64», которая может работать как с 32-битными, так и с 64-битными приложениями. 64-разрядная версия Windows Vista поддерживает как 32-разрядные, так и 64-разрядные системные библиотеки, поэтому в основном вы можете запускать приложения обоих типов. (Обратите внимание, что архитектура IA-64 не допускает этого.)
Компиляция программы в 64-битной среде не сильно связана с платформой, на которой работает компилятор. Но, конечно же, для запуска и проверки двоичного результата требуется соответствующая архитектура.
Как уже упоминалось выше, VS2008 позволяет выбрать целевую архитектуру, поэтому проблем нет.