Я не совсем уверен, что любой ответ на ваш вопрос соответствует условиям сайта - решения не существует.
Да, удаленное взаимодействие проще, поскольку оно сделано для вас. Тем не менее, он строго контролируется и, как вы определили, требует небольшой работы, чтобы соединить все это вместе. Кеш-файл, израсходованный процессом обнаружения, тоже вряд ли приветствуется.
System.AddIn отлично справляется с изоляцией, которая на самом деле является чем-то вроде задницы, чтобы собрать ее с нуля надежным и гибким способом. Он поддерживает межпроцессный хостинг и довольно простой переход пользовательских элементов WPF из одного домена в другой.
Однако следует помнить, что целевой аудиторией MAF являются не те, кто пытается соединить два приложения вместе. Он нацелен на разработчиков, которым нужны подключаемые, но безопасные системы (межпроцессный хостинг защищает корневое приложение от необработанных исключений, домены приложений позволяют выполнять потенциально сторонний код с определенной безопасностью). Из большинства сообщений направьте себя прямо к System.Runtime.Remoting или WCF.
Если вы хотите продолжить работу с System.AddIn, рассмотрите плагин конвейера для visual studio!
В заключение - вы можете получить изоляцию System.AddIn с помощью Remoting, но для получения достойной системы вам потребуется более нескольких фрагментов. Я пытаюсь воспроизвести его сам и отключаю все компоненты удаленного интерфейса - что System.AddIn делает без проблем.