У вас будут проблемы с этим, независимо от того, как вы это сделаете. Кажется, что каждый шаг немного более необычен.
Вам нужно будет использовать обфускатор исходного кода для защиты вашего источника. Я рекомендую Zend не из опыта, а потому, что Zend делает потрясающие продукты. Сам никогда не использовал защиту источника.
Вам потребуются три пользовательских установки LAMP / MAMP / XAMP, по одной для каждой целевой ОС. Они должны указывать на каталог, который является общим на USB-накопителе. Убедитесь, что вы сконфигурировали их для использования незащищенного порта, в противном случае пользователю потребуются права администратора для запуска серверного программного обеспечения. А запуск и настройка сервера, скорее всего, также приведет к нескольким сбоям.
Я бы порекомендовал найти что-то, что позволит вам распространять двоичный файл, или что-то вроде приложения AIR, предназначенного для этого типа распространения. Возможно, вам придется переписать много кода, но это будет легче исправить, чем все мелкие ошибки установки, которые вы увидите на стороне клиента. Чтобы упаковать сценарии в двоичные файлы без необходимости переписывать материал, ознакомьтесь с http://www.scriptol.com/apollo.php и подобными продуктами.
Но я бы посоветовал вам создать автономное приложение в Adobe Air, которое будет синхронизироваться с вашим сервером (возможно, даже с интеграцией некоторых устройств Google, чтобы оно работало автономно). Не пытайтесь форсировать PHP-приложение в этой модели распространения, это создаст кошмарные проблемы.