Вам нужен запрос реляционного деления здесь.
Для следующих данных
CREATE TABLE Effect
(
aid INT,
bid INT
);
INSERT INTO Effect
VALUES (20, 1),
(21, 1),
(20, 2),
(21, 2),
(21, 3);
Один из способов получения необходимой информации будет
SELECT eaids,
GROUP_CONCAT(DISTINCT bid
ORDER BY bid SEPARATOR ',') as bids
FROM
(
SELECT bid,
GROUP_CONCAT(DISTINCT aid
ORDER BY aid SEPARATOR ',') as eaids
FROM Effect
GROUP BY bid
) T
GROUP BY eaids
HAVING COUNT(*) > 1;
, который возвращает
eaids bids
20,21 1,2
Показывает, что на бактерии с идентификаторами 1 и 2 влияет один и тот же набор антибиотиков (20 и 21)
Демонстрация