Посмотрите на эффективный пом.Там вы увидите следующее:
<build>
...
<resources>
<resource>
<filtering>true</filtering>
<directory>path/gs-spring-boot/initial/src/main/resources</directory>
<includes>
<include>**/application*.yml</include>
<include>**/application*.yaml</include>
<include>**/application*.properties</include>
</includes>
</resource>
...
Из-за <filtering>true</filtering>
он создает банку с каждым mvn package
.
Эта конфигурация происходит из:
<parent>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-starter-parent</artifactId>
<version>2.0.5.RELEASE</version>
</parent>
Если вам не нужна фильтрация для вашего application.properties, вы можете переопределить файл pom.xml из исходного.