Я получил это решение, и ниже приведен фрагмент кода (C #) на случай, если кому-то еще понадобится:
PdfDocument pdfDoc = new PdfDocument(new PdfReader(SOURCE), new PdfWriter(TARGET));
PdfCatalog pdfCat = pdfDoc.GetCatalog();
PdfDictionary names = pdfCat.GetPdfObject().GetAsDictionary(PdfName.Names);
names.Remove(PdfName.JavaScript);
pdfDoc.Close();