проблемы с кадрами в R

Question

Я обнаружил, что подобные проблемы были решены с помощью NA, но я не могу поверить в это.Может кто-нибудь посоветовать мне, почему у pathF может быть ноль строк?Я новичок в R

library(tidyverse)

data_path <- paste (setwd ("Data"))
SamplesF <- list.files(path = data_path, pattern = "*.R1.fastq.gz", all.files = FALSE,
       full.names = FALSE, recursive = FALSE,
       ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE)

TabF <- as.data.frame(SamplesF)

PathF <- data.frame(lapply(TabF, function(TabF) {gsub("Data/", "$PWD/N/", TabF)}))
PathF <- data.frame(lapply(PathF, function(PathF) {gsub("fastq.gz", "fastq.gip", PathF)}))

names(PathF)[names(PathF)=="SamplesF"] <- "absolute-filepath" 

PathF['direction']='forward'

PathF['sample-id']= SamplesF

Вот ошибка:

Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, "direction", value = "forward") : 
replacement has 1 row, data has 0
Calls: [<- -> [<-.data.frame
Execution halted

Answer 1

В функции list.files аргумент pattern ожидает выражение регулярного выражения (введите ?regex в R), похоже, что вы используете выражение типа командной строки, где * будет подстановочным знаком.

Вероятно, нет совпадений с вашей строкой при интерпретации как регулярное выражение.Итак, вы работаете с данными длины (0) с самого начала.

Вместо этого попробуйте: шаблон как ".R1.fastq.gz$"

SamplesF <- list.files(path = data_path, pattern = ".R1.fastq.gz$", all.files = FALSE,
       full.names = FALSE, recursive = FALSE,
       ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE)

и посмотрите, как это получится.