Вы не пометили свой вопрос надлежащим образом: это больше связано с Xcode Apple, чем с Makefiles. Вы только запутаете программистов Unix, если не определите, что это связано с Mac OS X. Сделайте себе одолжение и пометите это, добавив такие теги, как macosx и xcode; Я не могу сделать это сам, так как мне не хватает представителей.
Что касается самого вопроса, конечно, вы можете написать Makefile, который будет строить проект Xcode из командной строки; это всего лишь вопрос эмуляции шага, который делает сам Xcode. Фактические шаги действительно зависят от вашего проекта, так что вам придется рассказать нам немного больше об этом и взглянуть на документы Apple .