Определение вашего атрибута было не в том месте.Это происходит прямо в complexType, но после последовательности.
также, в вашем XML в настоящее время есть элемент, а не атрибут, поэтому вам все еще нужно исправить свой XML для его проверки.
Попробуйте следующее XSD
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
<xs:element name="Mokėjimai">
<xs:complexType>
<xs:sequence>
<xs:element name="Organizacija" type="xs:string"/>
<xs:element name="Data" type="xs:string"/>
<xs:element name="Pavedimas" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" >
<xs:complexType>
<xs:sequence >
<xs:element name="Gavėjas">
<xs:complexType>
<xs:sequence >
<xs:element name="Pavadinimas" type="xs:string"/>
<xs:element name="Bankas" type="xs:string"/>
<xs:element name="Sąskaita" type="xs:string" />
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
<xs:element name="Suma">
<xs:complexType>
<xs:sequence >
<xs:element name="Dydis" type="xs:decimal" />
<xs:element name="Valiuta" type="xs:string" />
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
</xs:sequence>
<xs:attribute name="Sąskaita" type="xs:string" />
</xs:complexType>
</xs:element>
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
</xs:schema>