Редактировать:
Кажется, это не новая проблема.Я могу воспроизвести это только с проектами TFVC.Посмотрите на этот пост о том, как удалить «удаленные» командные проекты.Надеюсь, это заставит вас двигаться в правильном направлении.
Если ничего не помогает ... используйте Git :)
Оригинал:
Мне кажется, что VSдержит некоторую информацию о пульте и какие проекты он ожидает там.Вам может просто понадобиться обновить соединение в VS.

Если при обновлении все еще отображаются удаленные проекты,Попробуйте полностью удалить подключение к серверу и добавить его заново.
