Вы можете добавить файлы вручную.
Чтобы узнать, какие пакеты VCL использует ваше приложение, откройте проект в IDE. Используйте пункт меню Project-> Build project, чтобы перестроить ваше приложение целиком, а затем используйте Project-> Information, чтобы просмотреть информационный диалог. Список пакетов, фактически требуемых (и, следовательно, нуждающихся в распространении) вашим приложением, указан там.
Где их установить в целевой системе, зависит от того, почему вы используете пакеты в первую очередь. Если вы используете пакеты времени выполнения просто для уменьшения размера загрузки для своих пользователей, и пакеты будут использоваться только этим единственным приложением, поместите их в ту же папку, что и ваше приложение ($ TARGETDIR $). Если вы используете их, потому что у вас есть несколько разных приложений, и все они будут установлены в разных местах, но будут использовать одни и те же пакеты времени выполнения, установите их в папку System32 ($ SYSDIR $, если я правильно помню).
InnoSetup отлично работает с пакетами времени выполнения, добавленными вручную, кстати, особенно если вы используете превосходную (и бесплатную) ISTool IDE. (Не связан никоим образом; просто счастливый клиент.)