Вам необходимо передать функцию или формулу в mutate_at
в качестве второго аргумента:
mtcars %>% mutate_at(vars(cyl, gear, carb), ~ replace(., which(.!=4), 80))
Или создать функцию, используя funs
:
mtcars %>% mutate_at(vars(cyl, gear, carb), funs(replace(., which(.!=4), 80)))