Перебирать файлы sdf в python и конвертировать их в csv - PullRequest
Новая
       33

Перебирать файлы sdf в python и конвертировать их в csv

0 голосов
/ 03 декабря 2018

Я застрял с этой проблемой.Я пытаюсь конвертировать .sdf файлы в .csv , и мне удалось сделать это только для одного файла.Но когда я пытаюсь зациклить процесс для всех файлов, которые есть в моей папке, я не могу.Я использую Python 2.7 в Centos 6. Я загружаю код для преобразования одного файла.Кто-нибудь может дать мне совет, как это сделать? 

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import PandasTools
import numpy as np
import glob
from pathlib import Path
from os import listdir
from os.path import isfile, join
import os

my_sdf = '/lab/Juan/file1.sdf'

frame = PandasTools.LoadSDF(my_sdf, smilesName='SMILES', molColName='Molecule', includeFingerprints=False)

frame.to_csv('/lab/Juan/file1.csv')

Большое спасибо, я пробовал много разных способов, но я не могу заставить его работать.

...