Если вы можете увидеть источник и установить точку останова, то, вероятно, у вас установлены отладочные символы. Тем не менее, обычная последовательность:
gcc -g -o (outputname) (source files...)
gdb outputname
Дайте больше подробностей о том, что вы делаете и какие сообщения вы видите, и мы можем быть более конкретными.