Похоже, они просто помещают файл .js в zip-контейнер и объединяют его в конец исполняемого файла jsdb. Очевидно, что при запуске jsdb он проверяет наличие файла .zip и запускает его. Сам JavaScript не компилируется (кроме как во время выполнения движком TraceMonkey), он просто включается в исполняемый файл.