Проблема OpenBLAS с функцией ComBat () пакета SVA R Bioconductor в кластере Torque

Question

У меня проблема с функцией ComBat () из пакета Bioconductor SVA в R.

На моем ноутбуке (Latitude 5590 под управлением Linux Ubuntu18 операционной системы), работает хорошо.Но если я запустил его в кластере TORQUE, вызов функции ComBat () генерирует бесконечный цикл ожидания:

"ComBat ()" Found25batches

Примечание: один пакет имееттолько один образец, настройка mean.only = TRUE

Корректировка уровня (ов) или ковариации (ов)

Стандартизация данных по генам

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Ресурс временнонедоступно

OpenBLAS blas_thread_init: ток RLIMIT_NPROC 903725, макс. 903725

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

ток OpenBLAS 1025, 037_3037_6037_3037_3037_6037_3037_6037_R_3737* OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725, макс., 903725 макс

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725, текущий 903725, макс.

OpenBLAS blas_thread_able_reject *, временно

* * *1037* Знаете, как я могу это исправить?

Я проверил онлайн, и у некоторых людей уже была эта проблема , которая связана с Python.Это звучит странно для меня: если это проблема с Python, почему она появляется в R?

Спасибо

Answer 1

Мой коллега (вне StackOverflow) помог мне и нашел решение.

Мне нужно было вставить эту команду в мой R-скрипт:

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

Вот и все.