Вы читаете файл построчно и используете что-то вроде shutil.
Быстрый пример:
from shutil import copyfile
for line in open('files.txt', 'r'):
filename=line.split()[0]
dest="folder/"+file
copyfile(filename, dest)
Я уверен, что есть более питонский способ сделать это.В этом месте файл заканчивается
Редактировать: Возможно, вы захотите вместо этого использовать Move из shutil.