Звучит как разогрев HotSpot JVM - при перезапуске сервера остается еще больше кода для компиляции. Всякий раз, когда вы проводите бенчмаркинг или нагрузочное тестирование Java-приложения, неплохо было бы заранее осторожно дать ему скомпилировать весь код, который будет скомпилирован. Это особенно верно для серверных приложений, которые будут работать в течение длительного времени.
Обновление: я подумал, что должен уточнить, что, конечно, все уже скомпилировано в байт-код, и я имел в виду дополнительную компиляцию JVM в нативный код.