KISS - просто запишите файл журнала для каждой сущности и в каждый момент времени записывайте каждый параметр в указанном порядке (чтобы вы не удваивали размер файла журнала, добавляя имена параметров). Вы можете иметь заголовок в каждом лог-файле, если хотите указать имена параметров каждого столбца и идентификатор объекта.
Если имеется много значений параметров, которые останутся фиксированными или будут медленно изменяться в ходе моделирования, вы можете записать их в другой файл, который кодирует только изменения значений параметров, а не каждое значение в каждом временном интервале.
Вероятно, вам следует синхронизировать запись в журнал, чтобы каждая запись в журнале записывалась с одинаковым значением времени. Вместо того, чтобы координировать через центральный файл, просто сделайте первое значение в каждой строке файла временным значением.
Забудьте о базе данных - слишком медленно и слишком много накладных расходов для воспроизведения симуляции. Для воспроизведения симуляции вам просто понадобится последовательный доступ к каждому временному интервалу, который наиболее эффективно и быстро реализуется простым чтением в строках файлов один за другим.
По той же причине - скорость и эффективность использования пространства - забудьте XML.