Они управляют разными вещами.
Настройки в eclipse.ini управляют JVM, в которой запускается Eclipse. Они не влияют на программы, запускаемые из Eclipse.
Eclipse запускает отдельную JVM при запуске вашей программы.Настройки Run Configuration управляют этой JVM.У вас есть отдельная конфигурация запуска для каждой программы, так что вы можете установить разные параметры для каждой программы.