Флаг -a (--archive) в этом случае делает слишком много;он также хочет сделать метаданные каталога (права доступа, метки времени, пользователя, группы) равными.Вместо этого используйте -r;тогда rsync будет перечислять только те каталоги, которые существуют в folder1, но не в folder2.
Если вам действительно нужно некоторое поведение -a, или вы хотите игнорировать каталоги, даже если они неt * существует в folder2, вы можете фильтровать вывод через grep, потому что имена каталогов в выводе rsync обычно заканчиваются косой чертой:
rsync -avcn folder1/* folder2/ | grep -v '/$'