РЕДАКТИРОВАТЬ: Я изначально неправильно понял вопрос и подумал, что вы хотите полностью удалить Atom и хранилище.В этом случае решением будет удалить соответствующую запись из вашего /etc/apt/sources.list файла (или соответствующего файла в etc/apt/sources.list.d, в зависимости от того, что существует).
Теперь я понимаю, что вы пытаетесь установить и обновить Atomбез возможности дать вам сообщение об ошибке, описанное в вашем вопросе.
В этом случае кажется, что ключ хранилища может быть не установлен в вашей системе.Вы можете попробовать следовать инструкциям на https://packagecloud.io/app/AtomEditor/atom/gpg#gpg-apt, чтобы вручную установить требуемый ключ GPG.Я рекомендую прочитать все инструкции на этой странице, но соответствующая команда будет curl -L https://packagecloud.io/AtomEditor/atom/gpgkey | sudo apt-key add -