Построение сети с шириной линии края, пропорциональной их весу, с помощью ggnetwork - PullRequest
Новая
       59

Построение сети с шириной линии края, пропорциональной их весу, с помощью ggnetwork

0 голосов
/ 02 октября 2018

У меня есть graph вершин и ребер, которые я хотел бы построить, используя макет fruchtermanreingold.

Вот матрица ребер graph: 

edge.mat <- matrix(as.numeric(strsplit("3651,0,0,1,0,0,0,0,2,0,11,2,0,0,0,300,0,1,0,0,66,0,78,9,0,0,0,0,0,0,11690,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,493,1,1,0,4288,5,0,0,36,0,9,7,3,0,6,1,0,1,7,490,0,0,0,6,0,0,628,6,12,0,0,0,0,0,641,0,0,4,0,0,0,0,0,0,66,0,0,0,0,3165,0,281,0,0,0,0,0,0,0,0,45,1,0,0,35248,0,1698,2,0,1,0,2,99,0,0,6,29,286,0,31987,0,1,10,0,8,0,16,0,21,1,0,0,1718,0,51234,0,0,17,3,12,0,0,7,0,0,0,1,0,2,16736,0,0,0,3,0,0,4,630,0,0,0,9,0,0,29495,53,6,0,0,0,0,5,0,0,0,0,3,0,19,186,0,0,0,482,8,12,0,1,0,7,1,0,6,0,26338",split=",")[[1]]),nrow=14,dimnames=list(LETTERS[1:14],LETTERS[1:14]))

Затем я создаю и igraph объект из этого, используя: 

gr <- igraph::graph_from_adjacency_matrix(edge.mat,mode="undirected",weighted=T,diag=F)

Затем я следую примеру R 'ggnetwork для преобразования gr в data.frame: 

set.seed(1)
gr.df <- ggnetwork::ggnetwork(gr,layout="fruchtermanreingold",weights="weight",niter=50000, arrow.gap=0)

А затем я строю график, используя ggplot2 и ggnetwork: 

ggplot2::ggplot(gr.df,ggplot2::aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend))+
  ggnetwork::geom_edges(color="gray")+
  ggnetwork::geom_nodes(color="black")+
  ggnetwork::geom_nodelabel_repel(aes(label=vertex.names,color=vertex.names),fontface="bold",box.padding=unit(1,"lines"))+
  ggplot2::theme_minimal()+ggplot2::theme(axis.text=ggplot2::element_blank(),axis.title=ggplot2::element_blank(),legend.position="none")

, что дает: enter image description here

Мой вопрос заключается в том, какполучить ширину линий ребер на этом графике пропорционально весам ребер в gr (igraph::E(gr)$weight)?

Глядя на gr.df: 

> head(gr.df)
          x         y  na.x vertex.names      xend      yend na.y weight
1 0.3637960 0.8873783 FALSE            A 0.3637960 0.8873783   NA     NA
2 0.7480217 0.4129375 FALSE            B 0.7480217 0.4129375   NA     NA
3 0.1306538 0.0000000 FALSE            C 0.1306538 0.0000000   NA     NA
4 0.4828271 0.6498561 FALSE            D 0.4828271 0.6498561   NA     NA
5 0.2243358 0.4484766 FALSE            E 0.2243358 0.4484766   NA     NA
6 1.0000000 0.6396669 FALSE            F 1.0000000 0.6396669   NA     NA

Я вижучто края не переносятся с gr на gr.df.

1 Ответ

0 голосов
/ 02 октября 2018

Вы можете указать эстетику size в вызове geom_edges.Например, aes(size=weight)

ggplot2::ggplot(gr.df,ggplot2::aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend))+
  ggnetwork::geom_edges(color="gray",size=aes(size=weight))+
  ggnetwork::geom_nodes(color="black")+
  ggnetwork::geom_nodelabel_repel(aes(label=vertex.names,color=vertex.names),fontface="bold",box.padding=unit(1,"lines"))+
  ggplot2::theme_minimal()+ggplot2::theme(axis.text=ggplot2::element_blank(),axis.title=ggplot2::element_blank(),legend.position="none")

Как примечание, созданный кадр данных содержит вершины, ребра и соответствующие веса.Вершины перечисляются в первую очередь, а ребра идут дальше.В этом случае, если вы посмотрите на весь фрейм данных (или просто tail), вы увидите, что значения весов существуют для ребер.

...