Благодаря вашим комментариям я нашел решение.
Действительно, это не было проблемой настройки Inno Setup, все было хорошо с этой стороны, и мне просто нужно было проверить аргументы в моем приложении.
Моей первой ошибкой была проверка аргументов методом main (вместо метода start).Второй - использовать неправильный метод для этого.
Вот пример, который работает для меня:
public void start(Stage stage) {
FXMLLoader loader = MyOwnLoader.getFxmlLoader();
MyController controller = loader.getController();
Parameters params = getParameters();
log.error(params.getRaw().toString());
//Also return the filename : log.info(params.getUnnamed().toString());
//Don't return the filename : log.info(params.getNamed().toString());
}
Теперь мне просто нужно обработать имя файла для его открытия.
Спасибо за ваше время и ваши комментарии.